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La Fundación FUDECyT promociona el software libre, y lo manifiesta con su apoyo a la distribución Fedora de GNU/Linux. Este tipo de software respeta la libertad de todos los usuarios y, por tanto, una vez obtenido puede ser usado, copiado, estudiado, modificado y redistribuido libremente de diferentes formas.

Fedora es pionera en esta idea de software libre, y sus distribuciones apuntan tanto al uso cotidiano como al empresarial. Su potencia y estabilidad permiten al Instituto República de Educación Integral alojar los servidores de su Campus Virtual, que utilizan la plataforma Moodle, también software libre.

La Fundación FUDECyT organiza periódicamente charlas informativas y de promoción, junto con el apoyo de Comunidad Fedora, y también ofrece capacitaciones para administradores en redes GNU/Linux, administradores en seguridad de redes informáticas, y administradores de redes VoIP.